Historia kościoła sięga 1738 roku, gdy mieszkająca w Wies wieśniaczka, Maria Lori (taka pisownia nazwiska jest stosowana na oficjalnej stronie kościoła, ale można też spotkać pisownię "Lory"), zobaczyła łzy w oczach drewnianej figury przedstawiającej biczowanego Chrystusa, wykonanej w 1730 roku przez dwóch zakonników, Magnusa Strauba i Lukasa Schweigera z klasztoru norbertanów w Steingaden.
Początkowo figura była noszona w wielkopiątkowych procesjach w klasztorze, później znalazła się w rękach prywatnych, w gospodarstwie wiejskim. Opowieść o możliwym cudzie spowodowała, że do wsi zaczęli przybywać pielgrzymi. Figurę umieszczono najpierw w specjalnie zbudowanej małej kaplicy, w której od 1744 roku za zgodą Kościoła można było odprawiać msze.
Ponieważ jednak liczba pielgrzymów, również spoza Niemiec, szybko rosła, a przy tym zaczęły się pojawiać doniesienia o cudownych uzdrowieniach modlących się w kaplicy osób, opat klasztoru w Steingaden, przy poparciu i udziale finansowym miejscowej ludności, zdecydował o budowie docelowego sankturarium, w którym figura Chrystusa mogłaby być przechowywana.
Budowę zlecono jednemu z najbardziej podówczas znanych architektów działających w Bawarii, Dominikusowi Zimmermannowi (1685-1766), który zaprojektował kościół na planie owalu (25 x 29 m). Świątynia powstała w latach 1745–54. Jej wnętrze wyposażyli i udekorowali freskami i sztukateriami sam budowniczy i jego brat Johann Baptist Zimmermann (1680-1758).
Oficjalna nazwa kościoła brzmi: "Wallfahrtskirche zum Gegeißelten Heiland auf der Wies". Jego patronem jest św. Józef. Do dnia dzisiejszego jest jednym z ważniejszych celów pielgrzymek w Bawarii. Niezależnie od roli religijnej, świątynia uważana jest za jedno z najwybitniejszych dzieł architektury rokoko nie tylko w Niemczech, ale w skali światowej. Szacuje się, że każdego roku kościół jest odwiedzany przez co najmniej milion osób, pieggrzymów i turystów.
W 1983 kościół został wpisany na listę dziedzictwa kulturowego UNESCO; wkrótce potem, w latach 1985-91, został poddany renowacji i ponownie otwarty 5 maja 1991 roku.